根据搜索结果，《疯狂动物城》最深刻的三句话可归纳为以下核心主题：

能力与改变

- "光有志向是不够的，重要的是你的能力"（多次出现，强调行动与天赋的结合）

- "生活中总会有不顺心的时候，我们都会犯错。天性如何并不重要，重要的是你开始改变"（体现成长与自我突破）

坚持与勇气

- "无论你做什么，都不要放弃"（传递不屈精神）

- "我曾经和你一样，脆弱而敏感。准备好把世界变得更美好了吗？"（鼓励接纳自我并积极行动）

自我认知与接纳

- "她睡觉的时候会数自己吗？"（以幽默方式探讨自我反思）

- "现实生活可比墙上的标语复杂多了"（揭示理想与现实的落差）

总结：

影片通过动物城的故事，传递了能力与行动、坚持与勇气、自我认知与接纳的核心价值观，其中"光有志向是不够的，重要的是你的能力"和"无论你做什么，都不要放弃"因反复出现和深刻内涵成为最经典的三句台词。