部队手机被查到后的处理结果主要取决于违规行为的性质和后果，具体分为以下四类情况：

一般违规处理（无严重后果）

- 处理方式：

可能仅作检查、批评教育或在军人大会上通报。 - 影响：对转士官、入党等暂无直接影响，但可能被记录在个人档案。

涉及敏感信息或轻微违纪

- 处理方式：

如发布涉军言论、暴露军人身份等，可能面临警告、记过等纪律处分。 - 影响：政审或入伍申请可能受影响，严重者可能被提前退兵。

严重违规导致泄密

- 处理方式：

包括降职、撤职、开除军籍等，情节特别恶劣者可能追究刑事责任。 - 影响：除军事处分外，可能面临法律制裁，如判刑；相关基层指挥官也可能被问责。

偷窃或恶意使用手机

- 处理方式：

偷窃手机者可能被追责，若涉及间谍活动则依法追究刑事责任。 - 影响：纪律处分与普通违规不同，偷窃行为本身即构成违纪。

法律依据：《中国人民解放军纪律条令》第七条至第八十条，明确了对违反手机使用规定的处罚标准。