根据权威信息源综合分析，iPhone 6s的最佳系统版本为 iOS 14.7.1，兼顾稳定性、兼容性和功能需求。以下是具体建议：

系统版本选择依据

- 苹果官方建议：iOS 14.7.1是专为老旧设备优化的版本，支持微信等主流应用，且与硬件兼容性较好。

- 硬件限制：iOS 10及以上版本对硬件要求较高，6s的处理器性能有限，升级后可能出现卡顿或发热问题。

系统版本对比

- iOS 9：

稳定性较好，但应用商店支持率极低，仅支持基础功能，微信等主流应用无法更新。

- iOS 10：功能较全面，但大部分应用已停止适配，使用体验逐渐落后。

- iOS 11：兼容性提升，但存在闪退、耗电等问题，用户反馈不佳。

- iOS 12及以上：系统优化不足，续航和流畅度下降明显，用户评价较差。

其他注意事项

- 若追求最新功能，可尝试iOS 14.7.1，但需注意部分应用可能仍存在兼容性问题。

- 避免升级至iOS 15及以上版本，因系统对硬件要求过高，6s可能无法流畅运行。

综上， iOS 14.7.1是iPhone 6s的平衡选择，既能满足日常使用需求，又能最大程度减少系统问题。