农商小额系统是中国现代化支付系统（CNAPS）的重要组成部分，主要服务于农村商业银行、小额贷款公司等金融机构的小额支付业务。以下是具体解析：

一、系统定义与功能

系统定位

农商小额系统是商业银行（包括农村商业银行、村镇银行等）采用直连方式接入CNAPS，用于办理小额支付业务的应用系统。

业务范围

- 支持异地、同城跨行借记支付（如代扣代缴）；

- 处理金额在2万元以下的贷记支付（如转账汇款）；

- 提供清算、统计及信息服务。

核心作用

通过集中清算机制，降低银行间清算成本，实现实时跨行转账，提升支付效率。

二、与支票的关系

小额支付系统与支票无直接关联。支票属于票据业务，需通过票据交换系统或大额支付系统处理（金额超过20万元）。小额支付系统主要处理小额贷记和借记业务，而支票业务通常不通过该系统。

三、特点与优势

覆盖范围

除少数试点城市外，全国大部分银行均接入该系统，支持广泛。

清算时效

实时轧差清算，资金到账时间短。

费用优势

降低银行间清算成本，间接降低客户手续费。

四、历史发展

该系统自2009年上线以来，经历了多次升级，2019年正式升级为“中国现代化支付系统”，进一步提升了处理能力和安全性。

综上，农商小额系统是专为农村金融机构设计的小额支付清算平台，与支票业务分属不同支付体系，共同构成我国支付基础设施的重要组成部分。