北斗卫星导航系统主要采用以下坐标系：

大地坐标系

北斗系统使用 2000中国大地坐标系（CGCS2000）作为其空间基准。该坐标系与WGS84存在转换关系，但参数和标准不同，且符合国际地球参考框架（ITRF）规范。

时间基准

北斗时（BDT）以协调世界时（UTC）为基准，不使用闰秒，历元为2006年1月1日00:00:00。

总结：

北斗系统在空间定位中采用CGCS2000坐标系，时间基准为北斗时（BDT），两者均与国际标准接轨。