季羡林在《怀念母亲》中表达了对生母和祖国母亲的深切思念，主要原因可归纳为以下三点：

一、对生母的思念

童年缺失记忆

季羡林自幼与母亲分离，仅在六岁左右短暂团聚，且后续两次奔丧期间停留时间短暂，导致对母亲的记忆模糊，甚至难以清晰勾勒其形象。

母爱缺失的遗憾

由于长期与母亲生活分离，季羡林自认是“一个享受母爱最少的人”，这种成长过程中的情感缺失成为其内心深处永恒的悔恨。

二、对祖国母亲的思念

身居异国的孤独感

季羡林在国外求学期间，远离故土，身处小城，常感与祖国、亲情的距离拉远，这种物理距离强化了其思乡情绪。

精神寄托的追寻

祖国母亲象征着文化根源与精神家园，季羡林在异国他乡通过怀念祖国，寻求内心深处的归属感与力量。

三、文章写作背景的补充

该文收录于《留德十年》，记录了季羡林从1934年赴德留学至1946年归国的经历。在此期间，他经历了母亲离世、个人成长与学术追求，这些人生境遇共同催生了对其母亲与祖国的双重怀念。

综上，季羡林对母亲的思念源于童年缺失与母爱遗憾，对祖国母亲的怀念则源于异国漂泊与精神寄托，两者交织形成其作品深沉的情感基调。