仙女虾和三眼恐龙虾的区别主要体现在分类学、形态特征、生存环境及卵的耐受性等方面，具体如下：

分类学差异

- 三眼恐龙虾：

学名“佳朋鲎虫”，属于节肢动物门、甲壳动物亚门、鳃足纲、背甲目，全球已知15种，我国仅发现一种。 - 仙女虾：学名“枝额虫”，属于节肢动物门、甲壳动物亚门，但与三眼恐龙虾亲缘关系较远，常被称为“仙女虾”是对其形态的俗称。

形态特征

- 三眼恐龙虾：

具有三只眼睛（两侧黑色复眼+中间白色光敏眼），甲壳大且凉，外形酷似蝌蚪或古代盾牌，游动速度较慢。 - 仙女虾：体型较小（最大3厘米），腹部有10多对脚，外壳坚硬且色彩艳丽，常被形容为“如仙女般飘逸”。

生存环境与卵的耐受性

- 两者均生活在淡水或盐湖中，对水质要求较高，污水或含农药的水体无法存活。 - 仙女虾卵：

耐极端环境，可在100℃沸水中存活，甚至休眠1万年。 - 三眼恐龙虾卵：虽未明确提及耐高温，但能休眠多年等待合适环境。

其他区别

- 三眼恐龙虾因寿命短（1-2个月）且繁殖周期快，常在间歇性水体（如水坑、农田水田）出现；仙女虾对水质更挑剔，出现时水体通常更干净。 - 两者名称中的“虾”字源于外形相似性，但分类学上无直接关联。