西安交通大学医学院的前身是 国立北平大学医学院。1937年7月7日，卢沟桥事变爆发后，国立北平大学医学院部分师生西迁至西安，成立了西安临时大学医学院。此后，随着历史的变迁，学院多次易名，1956年称为西安医学院，1985年更名为西安医科大学。2000年4月，经国务院批准，西安医科大学与西安交通大学、陕西财经学院实现三校合并，成为新的西安交通大学医学院。