在日本签证过期后非法滞留的后果主要包括以下几个方面：

行政拘留或罚款

情节轻微的可能会面临10日以下的行政拘留或罚款。

情节严重的可能会被处以每非法居留一日五百元，总额不超过一万元的罚款，或者五日以上十五日以下拘留。

追究刑事责任

如果签证过期滞留时间较长，可能会被追究刑事责任。

遣送回国

非法滞留者可能会被遣送回国，并且根据遣返的性质不同，禁止入境的时效也不同：

持出国命令回国的不法滞在外国人，禁止再来日本的期限为1年。

被入管当局收容后强制遣返、以前没有遣返经历的不法滞在者，禁止再来日本的期限为5年。

被强制遣返、以前有强制遣返经历的不法滞在者，禁止再来日本的期限为10年。

个人档案污点

签证过期滞留即使后面被遣送回国，也会给个人档案造成污点。

影响其他国家的签证申请

非法滞留属于违法行为，被遣返回国的公民在回国之日起六个月至三年以内不予签发出境入境证件。

境外非法滞留会严重影响个人征信，并可能增加其他国家的签证申请拒签几率。

建议

及时续签或离境：如果签证即将过期，应尽快续签或离境，避免非法滞留。

合法合规：在申请签证和居留时，务必遵守当地法律法规，确保合法合规。

咨询专业机构：如有需要，可以咨询专业的移民律师或相关机构，获取更详细和准确的法律建议。

以上信息仅供参考，具体情况可能因个人情况和当地政策有所不同。