大慈树王的死亡时间在《原神》剧情中设定为 千年前，具体背景如下：

死亡原因

大慈树王与赤王结盟对抗禁忌知识，但赤王引入的污染最终导致须弥灾难。为保护世界树，她以生命为代价创造了“虚空”装置，用纯净枝杈转世为纳西妲，以此净化污染。

时间线

- 千年前，大慈树王因赤王的行为导致须弥灾难，随后牺牲自己延续生命；

- 现代草神小吉祥草王（纳西妲）是她的转世化身，诞生于坎瑞亚灾变之后。

相关线索

- 前代草神的存在形式和转世机制在剧情中有所暗示，但具体细节仍需通过游戏进程进一步探索。

综上，大慈树王的死亡与须弥的灾难紧密相关，她通过转世延续了守护须弥的使命。