U盘系统格式的选择需根据使用场景和操作系统类型决定，主要分为以下三种：

ISO格式

- 用于制作系统启动盘或镜像文件，需通过工具（如大白菜PE）加载后执行安装程序。 - 适用于Windows系统安装，但需配合PE工具使用，不直接作为U盘文件系统。

NTFS格式

- 适用于Windows系统，支持大文件（最大4TB）和高级功能（如权限管理），但兼容性较差，可能影响其他系统识别。 - 建议在Windows系统安装完成后转换为NTFS格式，避免使用FAT32。

FAT32格式

- 兼容性最高，支持多操作系统（Windows、Mac、Linux），但单个文件大小限制为4GB，且长期使用可能缩短U盘寿命。 - 适合系统重装或临时使用，但需注意文件大小限制。

总结建议：

制作系统启动盘时使用ISO格式；

安装Windows系统后优先转换为NTFS格式；

临时使用或跨平台场景选择FAT32格式。