《吸血鬼日记》小说的结局中，埃琳娜和斯特凡最终在一起。具体情节如下：

斯特凡的牺牲

斯特凡与卡洛琳结婚后，为拯救小镇和达蒙，他主动牺牲自己。他通过将人类血液注入达蒙体内，耗尽生命，并与凯瑟琳同归于尽。

埃琳娜的复活与幸福生活

斯特凡的牺牲换来了埃琳娜的复活。她毕业后回到神秘瀑布镇，与变成人类的达蒙过上了幸福的生活，直至两人离世。

结局的补充说明

- 卡洛琳等人创办了天才寄宿学校，获得克劳斯资助；邦尼选择独自旅行。 - 部分版本提到邦妮通过联系使伊琳娜复活，但主流结局仍以埃琳娜和达蒙的团聚为主。

综上，小说结局明确呈现了埃琳娜与斯特凡的圆满结局，符合观众对两人关系的期待。