名侦探柯南500集以后的经典集数可分为以下几类，综合剧情重要性、角色互动及案件破解的亮点进行推荐：

一、红与黑系列（1999-2003年）

《红与黑的碰撞》（501-506集）

以工藤新一被灌下APTX 4869后身体缩小为线索，展开与黑衣组织的智斗，包含“嫌疑犯交换术”等经典手法。

《红与黑的决死》（503-504集）

须内被杀案中，柯南通过心理战术揭露犯人，展现其推理能力。

《红与黑的遗产》（505-506集）

通过遗嘱谜团和回忆片段，揭示黑衣组织内部矛盾。

二、伦敦篇（2006-2007年）

《伦敦篇》（616-621集）

工藤新一第四次康复后，与毛利小五郎共同破解跨国案件，包含“皇家赌场谜案”和“空手道对决”等经典场面。

三、工藤新一回归篇

《工藤新一的回归》（206-207集）

新一假死身份暴露，与毛利小五郎展开新冒险，剧情反转充满悬疑。

《工藤新一的纽约事件》（369-370集）

东京与纽约双城谜案，涉及国际刑警组织，展现新一的全球视野。

四、其他经典案件

《怪盗基德VS最强金库》（377-378集）

基德与FBI的智斗，包含“瞬间移动魔术”和“金库密码”等亮点。

《风林火山》（516-517集）

海军舰“风林火山”事件，涉及海底遗迹和神秘组织。

五、高人气角色互动

《律师妃英理的证言》（505-506集）

英理作为关键证人，其证词推动案件发展，展现其独特推理风格。

《卡拉OK包房的死角》（1999-2000年）

本堂瑛佑发现柯南身份，剧情充满心理博弈。

六、最新高口碑集数（2020年后）

《大冈红叶的挑战书》（1045-1046集）

1000集后佳作，围绕“挑战书”展开的谜团，剧情紧凑且角色设定新颖。

以上推荐综合了案件复杂性、角色成长及观众口碑，可根据兴趣选择系列或单集观看。