东莞总站和东莞南城汽车站不是同一个地方，具体区别如下：

一、地理位置不同

东莞总站

位于东莞市万江区曲海社区，具体地址是107国道与万江大道交叉口南侧。该站是东莞市汽车客运总站，是万江地区的综合汽车枢纽站。

东莞南城汽车站

位于南城区科技路西侧，属于南城区的主要汽车站，承担南城及周边地区的客运功能。

二、功能定位不同

东莞总站：

作为万江区的综合汽车站，主要服务万江、南城等区域的旅客，是长途客车和公交车的集散地。

东莞南城汽车站：主要承担南城区及新城市中心的客运任务，辐射范围更偏向南城区域。

三、规模与设施差异

东莞总站：占地面积20公顷，设有长途站房、公交站房及出租出租车待客区，可同时容纳更多旅客。

东莞南城汽车站：规模较小，站场用地5.1公顷，设施相对简单，但开通了230多条线路，包括澳门专线。

四、名称与隶属关系

两者名称中“总站”和“南城”明确区分了不同站点。东莞总站是万江区的官方名称，而南城汽车站是南城区的独立站点。

综上，东莞总站和东莞南城汽车站分属不同区域，承担不同功能，但可通过公交线路实现连接。